Eu to usando o Paint Tool Sai e um tablet (wacom bamboo). Primeiro faço a lineart que são as linhas pretas, e depois, passo a cor mais escura possivel como base (pinto cada cor com o tom mais escuro, de sombra). De lá, eu vou adicionando as cores mais claras onde tem luz. Adiciono uma camada de cores mais claras, depois mais uma, e por último, quase branco para dar o toque onde a luz bate mais forte. Acho que não sou um bom professor hauahuahuah, mas se você quiser, posto um mini tutorial aqui de como faço as coisas ^^